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（一）从理论上讲，改制后的公司中只要存在国家股，那么国家就是公司的股东。国家所有，其实质就是全民所有。但是在实际的经济运行中，全民对公司的产权并没有极强的约束力。因此，由什么机构或人员来代表国家（全民）来履行作为出资人的股东职责、享有所有者权益、实现权利义务和责任的统一以及这种代表产生的法律依据、授权基础便成为迫切需要解决的问题。
（二）公司股权结构过于单一，政企不分，公司法人的自主经营权并未真正落实，虽然我国确认了公司法人财产权和自主经营权，但由于我国公司化改制是在传统的国有企业基础上进行的，因而不可避免地出现了公司产权过分集中，国家股处于绝对控制地位，股权结构过于单一的现象，难以形成多元化投资主体。
（三）关于股东会的问题：我国国有企业经过公司化改制后，“由于公司产权过分集中，国家股处于绝对控制地位，加之我国证券市场尚不成熟，产权交易市场也未建立，而社会个人股数量和持股比例有限，个人股（股民）倾向于进行短期的投机操作，所关心的不是公司的长远发展，而是短期的股价涨跌。
（四）关于董事会的问题：其不规范之处主要表现在：1、董事会的产生具有相当大的随意性 ，股东大会没有召开，董事会就已产生。也有许多公司董事长兼任总经理。国企时代的“总经理负责制中个人权力高度集中的基因又在新组建的法人治理结构中得到了‘继承’，致使一些企业经营者产生不正之风，大量的国有资产被侵吞和流失。”2、把公司分权-制衡机制看成“董事会领导下的总经理负责制”，甚至是“董事长领导下的总经理负责制”。未经董事会的授权，董事长处处以“法人代表”和“一把手”自居，要事事“领导”总经理，民主、科学的决策机制没有形成，扰乱了公司的责任体制，使公司经营管理效率降低。
